Động Nhị Thanh được danh nhân Ngô Thì Sĩ khám phá và tôn tạo khi ông làm Quan Đốc Trấn Lạng Sơn từ năm 1777 - 1780.

Ông là một bậc hiền thánh đã có công lao to lớn trong việc mở mang ruộng đất, yên ổn dân sinh và xây dựng Lạng Sơn thành khu thương mại sầm uất.

Trong thời gian ngao du sơn thuỷ trong vùng, Ông đã phát hiện ra động Nhị Thanh và cho hưng công xây dựng chùa Tam Giáo, Đình duyệt quân, Thạch miên am, Thụy tuyền hiên, Trai táo. Ngô Thì Sĩ bắt đầu cho tiến hành việc tôn tạo từ tháng Trọng Thu năm Kỷ Hợi (tức tháng 5 năm 1779 âm lịch) đến tháng Mạnh Thu (tức tháng 7) cùng năm thì hoàn thành.